过去十多年里的科学研究表明，菌群失调和炎症是引发许多疾病和健康问题的根源，包括痤疮、肥胖、结肠癌、抑郁症、自闭症、帕金森病以及自身免疫性疾病包括类风湿性关节炎和1型糖尿病等等。菌群失调和炎症可以继发于疾病，也能够推动疾病的发生，包括急性和慢性疾病。
不幸的是，许多医生并没有意识到这一点，这一点也不奇怪，因为大多数的医学院学生很少学习关于菌群失调和慢性低度炎症的内容，慢性低度炎症与许多慢性疾病的发生密切相关。此外，在医生让病人进行的一些检测中也很少注意到菌群失调和炎症这两种情况。大多数医生会进行C反应蛋白的检测，但不幸的是，这一检测很少应用于治疗慢性疾病。他们通常会排除重度炎症，但很少检测和纠正低级炎症。
大多数主流医学工作者都主要针对患者的疾病症状，而不是去解决引发疾病进程的根源：他们给痤疮患者开各种抗菌药膏；给糖尿病患者终身提供胰岛素，而不考虑扭转疾病进程甚至恢复胰腺β细胞功能的可能性；他们在很大程度上忽略饮食和肠道微生物组成对于结肠癌发生的重要性；他们通常按常规的药物学方法治疗抑郁症，很少把考虑为什么会发生抑郁症放在第一位。
一点也不夸张，这确实是目前主流医学最常见的运作方式。许多慢性疾病患者在传统医学体系下并不能真正获得帮助，他们迫切希望找到解决他们疾病困扰的方法。也许不用说，并不是所有主流健康从业者都是这样，也有许多优秀的医务和健康从业者正在打破传统的束缚。但是，我们的卫生保健系统要对得起这个名字仍有很长的路要走。目前，我们并没有照顾好人们的健康，而是让他们陷入一个药物、疾病和绝望的恶性循环。我们应该将这种恶性循环转变为一种良性循环。要带来这种改变的第一步也是最重要的一步就是降低炎症和调节肠道菌群。
菌群失衡+炎症可导致疲劳、胃肠道问题、心理障碍和慢性疾病
长期发炎和肠道菌群不平衡的身体是不健康的身体。如果我们身体的微生态系统开始混乱和内部炎症开始发生，那么一切都将崩溃：身体将产生更多的毒素，肝脏变得超负荷；本不该进入血液循环的物质从肠道进入血液；血脑屏障完整性可能被破坏；整个内分泌系统失去控制。这些都是互相联系的，没有任何器官系统、受体或激素是独立运行的。这些变化可导致一系列的健康问题，包括胰岛素抵抗、腹胀、疲劳、食物不耐受、性功能障碍和抑郁等等。所有这些问题都有一个相似的病原，都是一系列更大问题的一部分。因此，一个人如果患有慢性疲劳，那么他也很可能遭受抑郁、肠易激综合征和/或其它慢性健康问题。
这似乎是在逃避主流医学，因为这一观点认为人体是在漫长的进化历史中所塑造的一个复杂的生物系统，而传统医学界一直认为人体是一台机器，机器的某一部分损坏了，就应该努力去修复这一部分。传统医学通常很少北京治疗白癜风的公立医院看白癜风到中科白癜风医院